L’Etat est concerné par la mise en place du projet SEPA à un double titre, comme promoteur de l’intérêt général, mais aussi comme utilisateur de moyens de paiement.
Sa préoccupation première est de s’assurer que grâce à ce projet les citoyens français, et européens, disposeront d’une gamme de moyens de paiement en euros modernes, peu coûteux et sécurisés. C’est à cette condition que les ministres des finances européens ont annoncé soutenir le projet SEPA lors du Conseil de l'Union européenne d’octobre 2006.
Sa seconde préoccupation majeure est que les administrations soient en mesure d’utiliser ces nouveaux instruments de paiement européens dans les meilleures conditions. En effet, qu’il s’agisse de l’Etat, des collectivités territoriales ou des organismes de la sphère sociale, les administrations utilisent une grande quantité de moyens de paiement pour percevoir les impôts, payer les traitements et salaires, encaisser les cotisations et verser les prestations sociales, régler les factures des fournisseurs. Elles vont donc être fortement touchées par la mise en place du projet SEPA. Elles devront revoir toutes les applications informatiques utilisées pour le paiement ou la réception des fonds en essayant de minimiser l’impact du coût de cette adaptation sur les finances publiques.
La démarche des administrations pour s’adapter à SEPA s’inscrit dans une démarche plus globale de modernisation des moyens de paiement utilisés. En développant le paiement de l’impôt par prélèvement, le paiement des prestations de cantine par carte bancaire, le titre interbancaire de paiement (TIP)… les administrations se sont mobilisées pour proposer aux contribuables et aux usagers les moyens de paiement les moins coûteux et les plus pratiques.