Les entreprises actives dans plusieurs pays au sein de l’espace SEPA étaient jusqu’à présent obligées de gérer des comptes dans tous ces pays, avec des règles et des formats différents pour initier et recevoir des paiements sur ces comptes. Le projet SEPA leur permet de simplifier fortement la gestion des paiements en leur offrant la possibilité, si elles le souhaitent, de centraliser leurs opérations sur un seul compte qui peut être localisé dans n’importe quel pays au sein de l'espace SEPA. Les relations des entreprises avec leurs partenaires (clients/fournisseurs) en sont ainsi simplifiées.
Les entreprises actives en-dehors de l’espace SEPA bénéficient également du fait que les formats d’échange retenus pour les paiements SEPA s’appuient sur les normes internationales et que le projet SEPA permet ainsi d’établir une certaine homogénéité de traitements entre les paiements SEPA et les paiements internationaux. Par exemple, elles peuvent ainsi utiliser un seul outil de gestion de leurs virements pour l’ensemble de leurs créanciers européens (et potentiellement, à terme, pour ceux localisés hors de l’Europe). Les paiements SEPA permettent également la transmission de bout en bout d’une information commerciale plus complète qu’aujourd’hui puisque le motif d’opération est libellé sur 140 caractères (au lieu de 31 dans le cas du virement national français).
Plus généralement, le projet SEPA se traduit par des gains de productivité et des économies d'échelle pour les entreprises : optimisation de la gestion des flux de trésorerie, simplification et automatisation de la chaîne factures/paiements.
Le projet SEPA facilite également les opérations transfrontalières pour les entreprises qui n'étaient pour l'instant actives que sur un seul marché, ce qui renforce l'ouverture du marché européen.
Les entreprises bénéficient aussi du renforcement de la concurrence dans le secteur des paiements et de la modernisation induite par le projet SEPA. Toutes les entreprises européennes pourront ainsi avoir accès au meilleur niveau de service disponible en Europe.